Paris 1570 : la France est secoué par une guerre de religions qui n'en finit pas. Martin Dubé, 10 ans, orphelin, dont les parents catholiques ont été massacrés, supporte bravement une existence de labeur. Recueilli de mauvaise grâce par son oncle, maître imprimeur catholique, il est l'objet de vexations permanentes et exploité sans remords. Un soir, son destin bascule lorsqu'il croise Isabelle Laborde, fille d'un maître imprimeur aux sympathies protestantes. Martin sera témoin du martyre de sa famille lors de la Saint-Barthelemy.
Brisé par cette expérience, il se lie d'amitié avec Raymond Puységur, humaniste et calviniste convaincu. D'abord réticent, le colporteur huguenot accepte de faire de Martin son apprenti, lui enseignant la médecine, le latin, le grec, la théologie, mais aussi les arts de la guerre.
S'en suivra une longue errance qui, des routes de France, les conduira à Genève, la Jérusalem des réformés. C'est là que Martin retrouvera Isabelle, miraculeusement rescapée du massacre. Embrassant un destin d'étudiant à l'université pour se montrer digne de son amour, Martin, victime d'une machination, est condamné à dix ans de prison. Grâce à Puységur, il quitte la cité réformée pour rejoindre les armées protestantes aux côtés d'Henri de Navarre, futur Henri IV. Le destin tourmenté de l'orphelin prendra une tournure apaisée, lorsque la guerre terminée, Henri IV lui offre la fonction de second du directeur de la Bibliothèque Royale. Martin Dubé, chevalier de Ceyras, l'enfant des livres, y trouvera l'occasion de régler ses comptes avec sa famille et de s'accomplir sur la voie de la tolérance.
Ce roman dense et très documenté a nécessité de nombreuses recherches bibliographiques sur les coutumes, le langage, les tenues vestimentaires, les mœurs, les villes et les villages, la fabrication des livres, les publications de l'époque, les religions, la politique... Tous les personnages historiques, y compris les personnages secondaires tels que les ouvriers imprimeurs de Paris, et de Genève, les professeurs d'université et les « petites gens » réfugiés dans la Jérusalem des Réformés ont existé et réellement vécu les événements qu'évoque ce roman.