Lee Bermejo illustre en 2005 une série en cinq épisodes qu'il a créée avec Brian Azzarello au scénario : Lex Luthor : Man of Steel. Cette série publiée par DC Comics est centrée sur l'ennemi historique de Superman, et les deux auteurs imaginent en 2008 un roman graphique, Joker, qui s'intéresse spécifiquement à l'ennemi de Batman. Les derniers projets de Lee Bermejo sont Batman : Noël, pour lequel il réalise également le scénario, et Before Watchmen : Rorschach, toujours écrit par Brian Azzarello.