L'évasion n'était que le commencement… Après l'évasion de Fox River, Lincoln, Michael et leurs co-détenus se dirigent vers l'Utah à la recherche des 5 millions de dollars cachés par Westmoreland. Leurs péripéties n'ont pas pris fin en s'évadant de Fox River, au contraire, l'histoire ne fait que commencer. Si Michael a mené à bien son plan pour sortir son frère du couloir de la mort, réussira-t-il à le mettre en sûreté ? Leur cavale est risquée et leurs ennemis de plus en plus nombreux. Bellick, humilié, est bien décidé à se venger, l'agent Paul Kellerman est chargé par la vice-présidente d'éliminer Lincoln pour protéger son secret. L'agent du FBI Alexander Mahone, en charge de l'enquête pour retrouver les fugitifs, est d'une intelligence redoutable, il est capable de déchiffrer les tatouages de Scofield et d'anticiper ses déplacements… C'est à travers les yeux de l'agent Mahone, que nous revivrons la suite de cette incroyable aventure …